El Fondo Oaxaqueño para la Conservación de la Naturaleza surgió en el año 2000, como un fideicomiso privado, para el segundo semestre del 2004 se estableció una alianza estratégica con la Fundación Comunitaria Oaxaca A.C.,consolidándose así como un fondo ambiental constituido en esta asociación civil.

Al concretarse la alianza con la Fundación Comunitaria Oaxaca A. C., el Fondo Oaxaqueño se ratifica como una iniciativa sin fines de lucro ni orientación política, partidista o religiosa, generando un espacio de participación plural, ciudadana e institucional, que se fortalece de manera continua, posibilitando cada vez más que la sociedad civil participe activamente y de forma co responsable en la conservación de la diversidad biológica del estado.

Actualmente, el Comité Técnico del Fondo Oaxaqueño está integrado por la Fundación Comunitaria Oaxaca A.C., el Instituto Estatal de Ecología de Oaxaca (IEEO), la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) Delegación Oaxaca y la Universidad del Mar (UMAR).

Además de los programas que realiza en Alianza con la FCO, el Fondo Oaxaqueño ejecuta programas y proyectos de educación ambiental, investigación, fortalecimiento institucional, a su vez promueve y fortalece áreas de conservación comunitarias y el desarrollo de procesos productivos que fomenten prácticas sustentables.

El Fondo Oaxaqueño ha establecido dos líneas estratégicas para el logro de su propósito: Ecosistemas prioritarios y Especies prioritarias, cuyas lineas de acción son la Selva Zoque Chimalapas y Tortugas Marinas respectivamente.

De las líneas de acción se destaca la atención a la Selva Zoque Chimalapas que contiene más de un millón de hectáreas (1,133,370.53 Ha) de selvas altas, mediana y bajas, así como bosques de pino, de encino, asociaciones de pino/encino, y bosques mesófilos. La Selva Zoque es el macizo forestal tropical con la más grande integridad ecológica en el norte del continente. Al mismo tiempo los ríos que recorren la región forman parte de la cuenca alta de los ríos Usumacinta-Grijalva y Uxpanapa–Coatzacoalcos, los cuales conducen el 40 % de los escurrimientos fluviales de México. Puede afirmarse que lo que ocurra en Chimalapas influye considerablemente en los regímenes de lluvia y clima en el sureste mexicano.